地理标志（GI，Geographic Indication）是指一个国家、地区或特定地方的地理名称，又将该产品的质量特征完全或主要取决于该地的地理环境、自然条件、人文背景等因素。WTO的《与贸易有关的知识产权协议》（Trips协议）将地理标志作为一项WTO成员方有义务保护的商业标记。通常，地理标志产品多数是品质特征鲜明的农产品或农副产品。
2006年5月，梧州市印发了注册申报工作方案，申报方案明确梧州市农业局代表政府作为牵头单位，梧州出入境检验检疫局、广西壮族自治区梧州茶厂、广西梧州茶叶进出口公司、苍梧六堡茶业有限公司、广西梧州茂圣茶业有限公司、藤县福鼎茶厂、苍梧县人民政府、苍梧县六堡镇人民政府等参与共同申报。最初申报方案拟以“苍梧六堡茶”名称申报六堡茶地理标志产品保护。随后，广西壮族自治区梧州茶厂、广西梧州茶叶进出口公司建议以“梧州六堡茶”名称申报地理标志产品保护。考虑到确定地理标志产品保护范围要尊重历史和现状，应该用发展的眼光和有利于六堡茶产业做大做强等因素，经多次反复深入讨论和研究，最终明确以“六堡茶”名称申报，并于2006年9月21日正式向国家质量监督检验检疫总局提出申请，将六堡茶列入地理标志产品保护。六堡茶原料茶叶原产地域范围界定为原梧州地区范围（包括当时的梧州市万秀区、蝶山区、长洲区、苍梧县、岑溪市、藤县、蒙山县及贺州市八步区、昭平县、钟山县、富川县，即东经110°18′~112°03′、北纬22°37′~25°09′），六堡茶成品原产地域范围界定为梧州市行政辖区范围（梧州市万秀区、蝶山区、长洲区、苍梧县、岑溪市、藤县、蒙山县）。梧州市农业局代表政府作为牵头单位，梧州出入境检验检疫局、广西壮族自治区梧州茶厂、广西梧州茶叶进出口公司、苍梧六堡茶业有限公司、广西梧州茂圣茶业有限公司、藤县福鼎茶厂、苍梧县人民政府、六堡镇人民政府等作为参与单位，共同申报。
国家质量监督检验检疫总局于2006年11月30日对梧州市申请六堡茶地理标志产品保护发布了受理公告。
2007年3月9日，国家质检总局委托广西出入境检验检疫局对争议进行协调。2007年3月12日，广西出入境检验检疫局召集了广西茶业协会、广西农业厅、广西茶叶进出口公司、梧州市六堡茶地理标志产品保护申报工作领导小组等相关单位开会协调。梧州市针对广西茶业协会提出的异议向国家质检总局陈述了意见：第一，以“广西六堡茶”作为申报名称，不符合地理标志产品保护的命名规则“地名+通用产品名称”；第二，随意扩大“六堡茶”成品生产范围，不符合《地理标志产品保护规定》的宗旨。并抄报给广西出入境检验检疫局、广西壮族自治区农业厅。
2007年3月29日，梧州市农业局接到广西壮族自治区农业厅来函，来函中提出两点建议：第一，要求扩大用于生产六堡茶的原料来源划定产地保护范围，除原申报方案中的现梧州市和贺州市行政辖区范围外，区农业厅建议增加桂林市的临桂县、兴安县、龙胜县、资源县、恭城县、灌阳县；南宁市的横县、上林县、武鸣县；柳州市的柳城县、三江县、融水县、鹿寨县；钦州市的灵山县；崇左市的龙州县；来宾市的金秀县；贵港市的桂平市、平南县。第二，六堡茶成品生产地域保护范围除原申报方案的现任梧州市行政辖区范围外，要求增加南宁市、桂林市和柳州市的现辖行政区域。
对于广西壮族自治区农业厅提出的建议，梧州市六堡茶地理标志产品保护申报工作领导小组经过多次研究，认为：第一，六堡茶的原料来源产地保护范围可从原申报方案中划定的现梧州市和贺州市行政辖区范围扩大到全广西范围；第二，六堡茶成品加工保护范围保持原申报方案的现梧州市行政辖区范围。并报梧州市人民政府。
2007年4月6日，梧州市人民政府办公室在《关于如何做大做强“六堡茶”产业的意见和建议》中汇报了六堡茶的发展情况，并对广西茶业协会提出的异议进一步陈述了意见。据此，梧州市六堡茶地理标志产品保护申报工作领导小组向国家质检总局作了六堡茶的产生、工艺改良和产品稳定，六堡茶的原料特点和工艺特点、六堡茶的生产和出口情况等补充说明。
广西出入境检验检疫局根据2005年6月7日颁发的《地理标志产品保护规定》，于2007年9月12日提请自治区人民政府协调六堡茶地理标志产品保护原产地域有关争议。时任自治区副主席吴恒批示：“转请区农业厅张明沛同志阅，并望妥处，力争为广西获得更多的品牌农产品。”由此，六堡茶地理标志产品保护原产地域争议的协调工作转由自治区农业厅负责，自治区农业厅根据自治区领导的批示，于2008年4月28日在南宁召开了协调会，参与会议的代表来自广西产茶的各县市及区级管理 部门，但由于参与会议各方意见分歧很大，协调会最终没能达成共识，也没有形成会议纪要。2008年9月11日，梧州市人民政府向自治区人民政府办公厅上报《关于六堡茶地理标志产品保护原产地域范围的意见》，之后虽经自治区农业厅和广西出入境检验检疫局出面协调，但由于各方认识与法规之间有距离，一直未能达成共识，使得六堡茶地理标志保护申报工作一拖就是四年多，严重影响了这一历史名茶的发展。
2010年元月6日，时任自治区党委副书记陈际瓦在梧州检查指导“三农”工作得知这一情况时给予高度关注，要求有关部门加快解决这一问题。为此，梧州市根据国家质量监督检验检疫总局于2009年5月印发的《地理标志产品保护工作细则》，以及自治区农业厅的答复“我厅对六堡茶地理标志产品保护原产地域范围难以进一步协调”，于2010年5月分别恳请自治区党委和自治区人民政府协调解决梧州市申报六堡茶地理标志产品保护有关事项，并明确由地理标志产品保护工作主管部门——广西出入境检验检疫局牵头，协调解决久拖不决的六堡茶地理标志产品注册问题。
2010年5月20日，在广西壮族自治区党委相关部门的主持下，梧州市委、梧州市人民政府、广西出入境检验检疫局、广西农业厅召开了协商会议，会议认为：应当按照《地理标志产品保护工作细则》的规定解决争议，六堡茶地理标志产品保护原产地域争议的协调工作由广西检验检疫局负责。2010年5月21日，自治区人民政府也作了相同的表态，把牵头解决六堡茶标志产品注册问题交广西出入境检验检疫局处理。广西出入境检验检疫局于2010年6月12日向自治区人民政府办公厅提出了《关于六堡茶地理标志产品保护申请争议的解决方案》。
2010年11月10日，广西茶业协会自愿撤销向国家质量监督检验检疫总局提出的“关于对六堡茶地理标志产品申请地域保护范围提出的异议”。
获批
2011年3月16日，国家质量监督检验检疫总局发布公告，批准对六堡茶实施地理标志产品保护。
2011年12月30日，梧州市人民政府公布实施《六堡茶地理标志产品专用标志使用管理办法（试行）》的通告。2011年12月，在中国地理标志产业化发展高端研讨会上，六堡茶地理标志保护和产业化被认为是中国地理标志产品保护成功的经典案例，并被载入《2011年广西知识产权保护状况》白皮书。
六堡茶申报地理标志保护过程出现了多个全所未有：一是从2003年3月开始申报到2010年3月取得成功，所历时间之长前所未有；二是申报主体由开始时的企业申报，到2006年5月由梧州市人民政府授权梧州市农业局申报，申报主体出现了变更，这也是全国没有过的；三是国家质检总局在2006年12月发布受理公告后，出现了要求扩大保护范围等异议，而解决异议的协调机构之多、层级之高在全国是没有过的；四是较大规模的协调会议至少开了六次，协调次数之多、参加单位之广也是全国没有过的；五是协调的最终结果并没有因此而扩大保护范围，是极少见的；六是六堡茶申报地理标志产品保护的进程虽然受异议的影响，但六堡茶的产业化、标准化、品牌化之路，并没有因此而停顿，这也是全国所没有发生过的。
在申报地理标志保护过程中，六堡茶产业发展迅猛，六堡茶生产企业数量从2003年的2家，发展到2010年的近30家，年产量也从2003年的不到800吨发展到2010年开的8400吨，产值超过8亿元，品牌价值达8.3亿元，在全国茶叶品牌中排第28位，并成为2010年上海世博会特许产品。
国家质检总局地理标志保护专家刘红春指出，六堡茶申报地理标志保护历时8年之久、道路之曲折、成效之显著在全国是没有过的，是中国地理标志产品保护成功的经典案例。